Jack Bauer, es el jefe de la Unidad de Terrorismo de la Agencia Central de Inteligencia (CIA) en Los Angeles. Pronto, se encontrara en una agotadora maratón de 24 horas de muerte, engaño y terror cuando intente prevenir el asesinato de un candidato a presidente Afroamericano, cuando trate de encontrar al traidor dentro de su propia organización y haga sus mas grandes esfuerzos para salvar a su mujer e hija que han sido secuestradas.

En esta segunda temporada, vemos a Kiefer Sutherland con barba y retirado. Jack Bauer trata de comenzar una nueva vida luego de que su esposa muriera al final de la primera temporada.
Pero una amenaza nuclear se cierne sobre Los Angeles, EE.UU. y el presidente David Palmer, el primer Afroamericano en decidir los destinos de Norteamérica desde la Primera Magistratura, le pide a Bauer que regrese al servicio. Así, otra vez nuestro protagonista enfrenta a terroristas de variada calaña, mientras trata de que su hija adolescente, Kim Bauer, salga de Los Angeles.

Pasaron tres años desde que el agente Jack Bauer frustrara un ataque terrorista para poner en guerra a Estados Unidos. Ahora el regresa a Los Ángeles para atrapar a un narcotraficante ( Ramón Salazar). El FBI recibe una amenaza por teléfono que dice que si no liberan a Salazar en las próximas seis horas, soltarán un virus mortal en Los Ángeles. Jack se da cuenta de que la única opción que maneja es encontrar el origen del virus por un lado, y por el otro, liberar él mismo a Salazar en secreto.

Jack Bauer está de vuelta en medio de la acción, luego de un mortal ataque terrorista y del secuestro de su nuevo jefe, el secretario de defensa de los Estados Unidos. Pero parece ser que el secuestro es parte de un plan .Todo indica que los eventos sucedidos en este largo día, fueron planeados durante mucho tiempo, y solo un milagro podría detener la hora del ataque, que los terroristas creen, harán poner a toda la nación de rodillas...